故事是讲述大雄一天捡回了一棵小树苗，后来利用多啦A梦的植物自动急速生长液令树苗急速生长和懂得思想和行动。小树成为大家的一份子，后来延伸至植物圣地。植物圣地的人有感地球不断受到污染，让绿油油的树急速消失。此举令圣地的人动火了，绿之星的公主准备率领圣者一起将地球的树夺走，更忽视了小树，因为小树具有绿色巨人的灵魂，大家可以利用它。圣地有所行动了，小树亦对地球的污染感到失望，绿色巨人的灵魂苏醒了。小树摇身一变，成为绿色巨人。大雄等人开始要抢回小树。

哆啦A梦的铃铛被所谓的「怪盗DX」趁夜偷偷偷走了！而大雄透过「联想式推理放大镜」，竟然找到了一个奇异的飞行船，号称是「秘密道具博物馆」？秘密道具的秘密会在里面被解开吗？而哆啦A梦的铃铛又为什么会被偷走呢？这一切谜题留待这部完全原创的电影解答！

永远的蓝胖子哆啦A梦是孩子们童年梦想的守护者，新哆啦A梦不仅将经典的哆啦A梦动画进行了全新的制作，更加入了经典老片没有收录的故事和篇章，是《哆啦A梦》系列动画的新生和延续。

　某天，大雄（大原惠美 配音）偶然发现了童年时奶奶为自己缝制的玩偶熊，于是央求哆啦A梦（水田山葵 配音）去往过去看望已不再人世的奶奶（宫本信子 配音），大雄与奶奶重逢之后，奶奶希望能看到大雄长大结婚时的样子，答应奶奶的大雄与哆啦A梦则再一次的返回了未来，婚礼如期举行的那天，所有人都到了场，但最重要的新郎成年大雄（妻夫木聪 配音）居然不在现场，情急之下，哆啦A梦让大雄假扮成年时的自己与静香结婚（嘉数由美 配音），然而真正的成年大雄究竟去了哪里呢？